Optimasi dan uji sensitivitas primer Polymerase Chain Reaction (PCR) GEN RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) SARS-CoV-2 asal Indonesia
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Aisyiyah Yogyakarta
Author
Ata Rofita Wasiati, 1811201012
ARIF Bimantara, S.Pi., M.Biotech
Nosa Septiana Anindita, S.Pt.,M.Biotech
ARIF Bimantara, S.Pi., M.Biotech
Nosa Septiana Anindita, S.Pt.,M.Biotech
Subject
RA0421 Public health. Hygiene. Preventive Medicine
Datestamp
2022-10-29 07:37:50
Abstract :
Pandemi Covid-19 disebabkan oleh SARS-CoV-2 yang telah menular dan menyebar dengan cepat. Deteksi Covid-19 umumnya menggunakan tes laboratorium dengan metode RT-PCR untuk mendapatkan hasil yang akurat. Berdasarkan analisis filogenetik sebelumnya, diketahui bahwa SARS-CoV-2 Indonesia memiliki strain yang berbeda dan telah didesain primer yang spesifik untuk Indonesia. Deteksi molekuler perlu ditambah untuk deteksi COVID-19 di Indonesia, menggunakan metode PCR dengan analisis gen berbasis primer. Mutasi menyebabkan strain SARS-CoV-2 Indonesia lebih bervariasi di tiap daerah yang kemudian mampu menciptakan hubungan evolusi baru. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menemukan kondisi PCR yang optimal dan menguji sensitivitas primer gen RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) pada SARS-CoV-2 Indonesia. Dalam penelitian ini menggunakan data set primer gen INARdRp yang didapatkan dari penelitian sebelumnya. Penelitian ini menggunakan ukuran amplikon hasil amplifikasi INARdRp yaitu 232 bp. Penelitian ini sudah dilakukan optimasi kondisi PCR dan sensitivitas primer. Suhu annealing PCR yang digunakan adalah 52°C, 53°C, 54°C, 55°C, 56°C, 57°C dan variasi konsentrasi kontrol positif yaitu 1 ng, 0,1 ng, 0,01 ng, dan 0,001 ng. Hasil produk PCR kemudian di elektroforesis dan dianalisis hasilnya pada UV transilluminator. Hasil yang didapat dari penelitian ini yaitu suhu annealing yang optimal pada suhu 54°C dan mampu mendeteksi DNA plasmid SARS-CoV-2 hingga konsentrasi 0,001 ng. Primer gen INARdRp yang didesain dalam penelitian memiliki sensitivitas yang baik pada deteksi SARS-CoV- 2 Indonesia. Diharapkan penelitian ini mampu memberikan referensi primer untuk deteksi SARS-CoV-2 berbasis PCR, sehingga mampu memberikan hasil optimal untuk deteksi COVID-19 Indonesia.
Pandemi Covid-19 disebabkan oleh SARS-CoV-2 yang telah menular dan menyebar dengan cepat. Deteksi Covid-19 umumnya menggunakan tes laboratorium dengan metode RT-PCR untuk mendapatkan hasil yang akurat. Berdasarkan analisis filogenetik sebelumnya, diketahui bahwa SARS-CoV-2 Indonesia memiliki strain yang berbeda dan telah didesain primer yang spesifik untuk Indonesia. Deteksi molekuler perlu ditambah untuk deteksi COVID-19 di Indonesia, menggunakan metode PCR dengan analisis gen berbasis primer. Mutasi menyebabkan strain SARS-CoV-2 Indonesia lebih bervariasi di tiap daerah yang kemudian mampu menciptakan hubungan evolusi baru. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menemukan kondisi PCR yang optimal dan menguji sensitivitas primer gen RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) pada SARS-CoV-2 Indonesia. Dalam penelitian ini menggunakan data set primer gen INARdRp yang didapatkan dari penelitian sebelumnya. Penelitian ini menggunakan ukuran amplikon hasil amplifikasi INARdRp yaitu 232 bp. Penelitian ini sudah dilakukan optimasi kondisi PCR dan sensitivitas primer. Suhu annealing PCR yang digunakan adalah 52°C, 53°C, 54°C, 55°C, 56°C, 57°C dan variasi konsentrasi kontrol positif yaitu 1 ng, 0,1 ng, 0,01 ng, dan 0,001 ng. Hasil produk PCR kemudian di elektroforesis dan dianalisis hasilnya pada UV transilluminator. Hasil yang didapat dari penelitian ini yaitu suhu annealing yang optimal pada suhu 54°C dan mampu mendeteksi DNA plasmid SARS-CoV-2 hingga konsentrasi 0,001 ng. Primer gen INARdRp yang didesain dalam penelitian memiliki sensitivitas yang baik pada deteksi SARS-CoV- 2 Indonesia. Diharapkan penelitian ini mampu memberikan referensi primer untuk deteksi SARS-CoV-2 berbasis PCR, sehingga mampu memberikan hasil optimal untuk deteksi COVID-19 Indonesia.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
