Identifikasi variasi gen yang berpotensi dapat menginduksi efek samping obat tuberkulosis dengan pendekatan bioinformatika
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Ahmad Dahlan
Author
Islami, Baiq Octavia Zahwa
Subject
R Medicine (General)
Datestamp
2024-04-30 06:10:51
Abstract :
Mycobacterium tuberculosis merupakan penyebab dari penyakit tuberkulosis. Rejimen terapi TB dinilai kurang maksimal dan efektif karena memiliki potensi terjadinya ESO serius. Hal ini dapat disebabkan oleh faktor genetik. Namun investigasi terkait variasi gen spesifik yang memengaruhinya belum banyak dilakukan. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi varian gen tersebut dengan pendekatan bioinformatika dan integrasi dengan beberapa database genomik yang established. Identifikasi varian gen dilakukan dengan pemanfaatan database PharmGKB. Varian gen dari masing-masing obat dievaluasi menggunakan kategori Level Of Evidence 1A ? 3. Selanjutnya kode gen divalidasi menggunakan HaploReg v4.2, kemudian dilakukan Pubmed Literature Review untuk mengetahui kerentanan varian gen. Lalu mengidentifikasi frekuensi alel tertinggi melalui database Ensembl. Diperoleh 18 SNPs yang berpotensi menyebabkan efek samping OAT, yaitu TNF (rs1800629), NOS2 (rs11080344), NAT2 (rs1041983, rs1799929, rs1799931, rs4646244, rs1801280, rs1208, rs1799930), MAFK (rs4720833), GSTP1 (rs1695), BACH1 (rs2070401), FAM65B (rs10946737, rs10946739), NR1I2 (rs2472677), CUX2 (rs7958375), dan AGBL4 (rs319952, rs393994). Frekuensi alel dari setiap varian kemudian dinilai pada populasi Afrika, Amerika, Eropa, dan Asia Tenggara. Dari hasil yang diperoleh terdapat beberapa varian gen yang memiliki frekuensi tertinggi pada populasi Afrika (rs11080344, rs1041983, rs4720833, rs1695, rs2070401, rs7958375), Amerika (rs1799931), Eropa (rs1800629, rs1799929, rs1801280, rs10946739, rs2472677, rs319952, rs393994) dan Asia Tenggara (rs4646244, rs1208, rs1799930, rs10946737). Terdapat 2 SNP yang paling berisiko yaitu rs1799930 dan rs1208 yang mengkode gen NAT2. Hasil penelitian tersebut menunjukkan trend semakin tinggi frekuensi alel semakin rentan suatu populasi terhadap terkenanya efek samping OAT. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi petunjuk sebagai preliminary study untuk biomarker pada suatu individu yang rentan terhadap efek samping OAT.
Mycobacterium tuberculosis merupakan penyebab dari penyakit tuberkulosis. Rejimen terapi TB dinilai kurang maksimal dan efektif karena memiliki potensi terjadinya ESO serius. Hal ini dapat disebabkan oleh faktor genetik. Namun investigasi terkait variasi gen spesifik yang memengaruhinya belum banyak dilakukan. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi varian gen tersebut dengan pendekatan bioinformatika dan integrasi dengan beberapa database genomik yang established. Identifikasi varian gen dilakukan dengan pemanfaatan database PharmGKB. Varian gen dari masing-masing obat dievaluasi menggunakan kategori Level Of Evidence 1A ? 3. Selanjutnya kode gen divalidasi menggunakan HaploReg v4.2, kemudian dilakukan Pubmed Literature Review untuk mengetahui kerentanan varian gen. Lalu mengidentifikasi frekuensi alel tertinggi melalui database Ensembl. Diperoleh 18 SNPs yang berpotensi menyebabkan efek samping OAT, yaitu TNF (rs1800629), NOS2 (rs11080344), NAT2 (rs1041983, rs1799929, rs1799931, rs4646244, rs1801280, rs1208, rs1799930), MAFK (rs4720833), GSTP1 (rs1695), BACH1 (rs2070401), FAM65B (rs10946737, rs10946739), NR1I2 (rs2472677), CUX2 (rs7958375), dan AGBL4 (rs319952, rs393994). Frekuensi alel dari setiap varian kemudian dinilai pada populasi Afrika, Amerika, Eropa, dan Asia Tenggara. Dari hasil yang diperoleh terdapat beberapa varian gen yang memiliki frekuensi tertinggi pada populasi Afrika (rs11080344, rs1041983, rs4720833, rs1695, rs2070401, rs7958375), Amerika (rs1799931), Eropa (rs1800629, rs1799929, rs1801280, rs10946739, rs2472677, rs319952, rs393994) dan Asia Tenggara (rs4646244, rs1208, rs1799930, rs10946737). Terdapat 2 SNP yang paling berisiko yaitu rs1799930 dan rs1208 yang mengkode gen NAT2. Hasil penelitian tersebut menunjukkan trend semakin tinggi frekuensi alel semakin rentan suatu populasi terhadap terkenanya efek samping OAT. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi petunjuk sebagai preliminary study untuk biomarker pada suatu individu yang rentan terhadap efek samping OAT.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
