PENGEMBANGAN DETEKSI CEPAT BAKTERI FOODBORNE PATHOGEN SALMONELLA ENTERITIDIS PADA SAMPEL PANGAN DENGAN METODE REAL-TIME PCR
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Negeri Jakarta
Author
PUTRI ANISA NILA AUNI, .
Subject
Kimia
Datestamp
2020-06-18 11:04:07
Abstract :
Salmonella enteritidis merupakan salah satu bakteri yang menyebabkan keracunan makanan. Kementrian Kesehatan Republik Indonesia menyatakan bahwa dalam beberapa tahun terakhir, keracunan pangan termasuk kedalam Kejadian Luar Biasa (KLB) dan meningkat setiap tahunnya. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan hasil uji konfirmasi, spesifikasi, dan sensitvitas pasangan primer gen prot6E bakteri Salmonella enteritidis. DNA bakteri diisolasi dengan kit purifikasi DNA. Optimasi suhu annealing pasangan primer prot6E menggunakan PCR Gradien di rentang suhu 570C-610C dengan panjang amplikon 170 pasang basa. Suhu optimum hasil PCR Gradien digunakan untuk uji konfirmasi, spesifisitas dan sensitivitas dengan RealTime PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer prot6E Salmonella enteritidis mampu mengamplifikasi pada siklus 13,1 dan 13,69 dengan konsentrasi isolate 58,5 ng/µL, dan suhu leleh (Tm) berada pada suhu 760C. Pasangan primer gen pro6E juga mampu mendeteksi bakteri non-target pada siklus dan suhu leleh yang berbeda. Uji sensitivitas menunjukkan bahwa pasangan primer prot6E Salmonella enteritidis mampu mendeteksi hingga konsentrasi 1,25 x 10-1 CFU/mL. Uji konfirmasi sampel pangan telur dan daging dapat dideteksi pada siklus masingmasing 10,91 dan 12,095. Berdasarkan hasil ini, dapat disimpulkan bahwa Real-Time PCR dengan primer gen prot6E dapat dikembangkan sebagai kit deteksi untuk Salmonella enteritidis pada sampel pangan. **************** Salmonella enteritidis is one of the major bacteria that account for food poisoning. During the recent years, the Ministry of Health (Republik Indonesia) reveals that food poisoning became an outbreak and increase every year and cause a sever health problem. The aim of this research is to get the confirmation, specificity, and sensitivity results of prot6E primer pairs with Real-Time PCR. In this work, the bacterial DNA was isolated with DNA purification kit and the optimize annealing temperature of primer pair using Gradient PCR at 570C-610C with product length size 170 base pairs. The optimum temperature and condition from Gradient PCR is used for amplify, specify, and sensitivity assay by Real-Time PCR. The result shows that the prot6E primer pairs could amplify at Ct 13,11 and 13,69 with DNA concentration at 58,5 ng/µL an has a melting curve at 760C. This primer pairs can also distinguish non-target bacteria with different Ct and melting curve temperature. The sensitivity assay of this primer pair can amplify DNA template at its lower concentration 1,25 x 10-1 CFU/mL. Egg and meat samples could be detected at Ct 10,91 and 12,095. Based on these results, it can be concluded that Real-Time PCR with prot6E primer pairs can be applied to develop a detection kit for Salmonella enteritidis in food sample.
Salmonella enteritidis merupakan salah satu bakteri yang menyebabkan keracunan makanan. Kementrian Kesehatan Republik Indonesia menyatakan bahwa dalam beberapa tahun terakhir, keracunan pangan termasuk kedalam Kejadian Luar Biasa (KLB) dan meningkat setiap tahunnya. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan hasil uji konfirmasi, spesifikasi, dan sensitvitas pasangan primer gen prot6E bakteri Salmonella enteritidis. DNA bakteri diisolasi dengan kit purifikasi DNA. Optimasi suhu annealing pasangan primer prot6E menggunakan PCR Gradien di rentang suhu 570C-610C dengan panjang amplikon 170 pasang basa. Suhu optimum hasil PCR Gradien digunakan untuk uji konfirmasi, spesifisitas dan sensitivitas dengan RealTime PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer prot6E Salmonella enteritidis mampu mengamplifikasi pada siklus 13,1 dan 13,69 dengan konsentrasi isolate 58,5 ng/µL, dan suhu leleh (Tm) berada pada suhu 760C. Pasangan primer gen pro6E juga mampu mendeteksi bakteri non-target pada siklus dan suhu leleh yang berbeda. Uji sensitivitas menunjukkan bahwa pasangan primer prot6E Salmonella enteritidis mampu mendeteksi hingga konsentrasi 1,25 x 10-1 CFU/mL. Uji konfirmasi sampel pangan telur dan daging dapat dideteksi pada siklus masingmasing 10,91 dan 12,095. Berdasarkan hasil ini, dapat disimpulkan bahwa Real-Time PCR dengan primer gen prot6E dapat dikembangkan sebagai kit deteksi untuk Salmonella enteritidis pada sampel pangan. **************** Salmonella enteritidis is one of the major bacteria that account for food poisoning. During the recent years, the Ministry of Health (Republik Indonesia) reveals that food poisoning became an outbreak and increase every year and cause a sever health problem. The aim of this research is to get the confirmation, specificity, and sensitivity results of prot6E primer pairs with Real-Time PCR. In this work, the bacterial DNA was isolated with DNA purification kit and the optimize annealing temperature of primer pair using Gradient PCR at 570C-610C with product length size 170 base pairs. The optimum temperature and condition from Gradient PCR is used for amplify, specify, and sensitivity assay by Real-Time PCR. The result shows that the prot6E primer pairs could amplify at Ct 13,11 and 13,69 with DNA concentration at 58,5 ng/µL an has a melting curve at 760C. This primer pairs can also distinguish non-target bacteria with different Ct and melting curve temperature. The sensitivity assay of this primer pair can amplify DNA template at its lower concentration 1,25 x 10-1 CFU/mL. Egg and meat samples could be detected at Ct 10,91 and 12,095. Based on these results, it can be concluded that Real-Time PCR with prot6E primer pairs can be applied to develop a detection kit for Salmonella enteritidis in food sample.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
