Sampling konformasi siRNA-PROTEIN ARGONAUTE dengan simulasi dinamika molekul. [CD-ROM]
Total View This Week0
Total View This Week0
Institusion
Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya
Author
Budiman, Santi
Subject
Datestamp
2014-11-25 05:55:24
Abstract :
Pada penelitian terdahulu telah disimulasikan kompleks siRNA-Argonaute dengan pelarut air selama 5 ns dan dipelajari sifat struktural dan dinamik. Dalam penelitian ini, simulasi tersebut dilanjutkan hingga 20 ns dan dilakukan penklasteran dengan menggunakan paket GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber03 dan program MMTSB (Multiscale Modeling Tools for Structural Biology). Kompleks tersebut ditempatkan dalam kotak dodekahedron, kemudian diisi dengan molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300 K. Sifat struktural yang akan diamati pada simulasi ini adalah parameter RMSD (Root Mean Square Deviation), ikatan hidrogen dan sudut torsional. Sifat dinamika yang akan diamati pada simulasi ini adalah parameter RMSF (Root Mean Square Fluctuation). Nilai RMSD untuk protein Argonaute adalah 0,2303 nm, sedangkan nilai RMSD dari sisi aktif protein adalah 0,1744 nm. Beberapa ikatan hidrogen yang terbentuk mengalami penataan kembali, sementara ligan (siRNA) mempunyai efek yang menurunkan fleksibilitas sisi aktif. Hasil pen-klasteran secara hirarki menunjukkan adanya dua klaster selama simulasi, yaitu klaster pertama sebanyak 55,1 % dan klaster kedua 44,9 %. Nilai RMSD kedua klaster menunjukkan bahwa kedua kluster berada dalam kesetimbangan. Kata-kata kunci: siRNA-Argonaute, penklasteran, RMSD, ikatan hidrogen, sudut torsional, RMSF.
Pada penelitian terdahulu telah disimulasikan kompleks siRNA-Argonaute dengan pelarut air selama 5 ns dan dipelajari sifat struktural dan dinamik. Dalam penelitian ini, simulasi tersebut dilanjutkan hingga 20 ns dan dilakukan penklasteran dengan menggunakan paket GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber03 dan program MMTSB (Multiscale Modeling Tools for Structural Biology). Kompleks tersebut ditempatkan dalam kotak dodekahedron, kemudian diisi dengan molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300 K. Sifat struktural yang akan diamati pada simulasi ini adalah parameter RMSD (Root Mean Square Deviation), ikatan hidrogen dan sudut torsional. Sifat dinamika yang akan diamati pada simulasi ini adalah parameter RMSF (Root Mean Square Fluctuation). Nilai RMSD untuk protein Argonaute adalah 0,2303 nm, sedangkan nilai RMSD dari sisi aktif protein adalah 0,1744 nm. Beberapa ikatan hidrogen yang terbentuk mengalami penataan kembali, sementara ligan (siRNA) mempunyai efek yang menurunkan fleksibilitas sisi aktif. Hasil pen-klasteran secara hirarki menunjukkan adanya dua klaster selama simulasi, yaitu klaster pertama sebanyak 55,1 % dan klaster kedua 44,9 %. Nilai RMSD kedua klaster menunjukkan bahwa kedua kluster berada dalam kesetimbangan. Kata-kata kunci: siRNA-Argonaute, penklasteran, RMSD, ikatan hidrogen, sudut torsional, RMSF.
Download
book
BibTex
Latex, Jabref
cloud_download
Original Resource
url resource Institution
